სამცხე-ჯავახეთში აღმასრულებელ ხელისუფლებას განახორციელებს საქართველოს პრეზიდენტის სახელმწიფო რწმუნებული. მისი ფუნქციებია უზრუნველყოს რეგიონში საზოგადოებრივი წესრიგის დაცვის კოორდინაცია, რესურსების მობილიზება, ადმინისტრაციულ-ტერიტორიული ერთეულების სოციალურ-ეკონომიკური განვითარების პროგრამების შემუშავებისა და განხორციელების ხელშეწყობა, ადამიანის უფლებების დაცვა და სხვა.
მხარეში ადგილობრივი თვითმმართველობა ხორციელდება წარმომადგენლობითი (საკრებულო) და აღმასრულებელი ორგანოების მიერ შემდეგი ადმინისტრაციულ-ტერიტორიული ერთეულების მიხედვით: ადიგენის მუნიციპალიტეტი; ასპინძის მუნიციპალიტეტი; ახალქალაქის მუნიციპალიტეტი; ახალციხის მუნიციპალიტეტი; ბორჯომის მუნიციპალიტეტი; ნინოწმინდის მუნიციპალიტეტი.
მხარეში სახელმწიფო მმართველობას ახორციელებს საქართველოს პრეზიდენტის მიერ დანიშნული სახელმწიფო რწმუნებული. ამ თანამდებობაზე, დღემდე მუშაობდნენ:
